El Área de Políticas Transexuales de la FELGTB coordina el trabajo de los diferentes grupos y asoiciaciones de transexuales de las organizaciones que forman parte de la Federación. La lucha contra la transfobia, el derecho a una salud plena y la eliminación de obstáculos administrativos y jurídicos para las personas transexuales son algunas de los objetivos del Área. 

Reivindicaciones:

1. Derecho a la propia identidad sexual y de género, que debería ser regulado mediante una Ley Integral sobre el Derecho a la Identidad de Género que contemple soluciones multidisciplinares –mediante la coordinación entre los diversos departamentos ministeriales implicados- a la peculiar problemática social de las personas transexuales.
2. Regulación del derecho de todas las personas transexuales a la rectificación del nombre y sexo en el Registro Civil mediante un procedimiento administrativo común, sin necesidad de haberse sometido a la cirugía de reasignación de sexo, aportando la certificación de diagnóstico de transexualidad emitida por psicoterapeuta especializado (psicólogo o sexólogo) y la certificación elaborada por endocrinólogo que acredite el seguimiento del tratamiento clínico hormonal por parte de la persona transexual.
3. Cobertura sanitaria pública del tratamiento clínico de reasignación de sexo (que incluye la atención psicoterapéutica para el diagnóstico y apoyo a la persona transexual, tratamiento hormonal con  controles endocrinológicos periódicos y las diversas intervenciones plástico-quirúrgicas, entre ellas, la cirugía de reasignación de sexo). Para ello, deberían constituirse Unidades Interdisciplinares de Género.
4. Promoción pública de la investigación científica en todo lo relacionado con la transexualidad desde diversas disciplinas (medicina, psicología, sociología, antropología, etc.), manteniendo un especial énfasis en indagar sobre los avances en los diversos tratamientos médicos (control endocrinológico y cirugía de reasignación de sexo).
5. Políticas activas emprendidas desde las Administraciones Públicas y los agentes sociales (sindicatos y empresarios) para erradicar progresivamente la discriminación laboral que sufren las personas transexuales al expresar libremente su identidad de género. Adopción de posibles medidas de discriminación positiva.
6. Regulación específica de los derechos de las trabajadoras sexuales de forma independiente a las medidas de inserción laboral que se implementen con este colectivo.
7. Medidas de sensibilización social y educativa sobre la transexualidad. Educación en la diversidad, fomentando los valores democráticos de respeto, comprensión, tolerancia e igualdad social.
8. Concesión del derecho de asilo a aquellas personas que sufran persecución, discriminación, torturas o agresiones en sus países de origen por razón de la libre expresión de su identidad de género, prestando especial atención en la tramitación del expediente a los informes elaborados por los colectivos, asociaciones y ONG´s de Derechos Humanos de cada país o área regional.
9. Penalización de la transfobia (aquellas actitudes de odio y rechazo hacia el colectivo transexual, así como las agresiones cometidas contra cualquier persona transexual por motivo de su identidad de género) y su tipificación como delito en el Código Penal.
10. Rehabilitación e indemnización a las víctimas que sufrieron en sus carnes la aplicación de la Ley de Vagos y Maleantes y de la Ley de Peligrosidad Social.
11. Abordar de forma práctica y efectiva la problemática de las personas transexuales internadas en centros penitenciarios, permitiendo que puedan ser internadas en prisiones de hombres o mujeres según la identidad de género que manifiesten socialmente.
12. Financiación pública de las asociaciones de autoapoyo a las personas transexuales